Planificateur de RFLP Planificateur RFLP - Recherchez des enzymes de restriction qui aident à différer des séquences d'ADN homologues connues
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Planificateur de RFLP Classement & Résumé

Planificateur de RFLP Mots clés

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Planificateur de RFLP La description

RFLP Planner - Trouvez des enzymes de restriction qui aident à différer des séquences d'ADN homologues connues RFLP Planner est une application open source qui vous aidera à planifier une expérience RFLP: il trouve des enzymes de restriction qui coupent un ensemble de séquences d'ADN d'homologue de différentes manières et simule l'image de gel-électrophorèse résultante. Le planificateur RFLP devrait être indépendant de la plate-forme, mais uniquement sur Mac OS X. vous aide à trouver les enzymes de restriction cruciale qui caractérisent la population. Avec la simulation d'électrophorèse, il est facile de choisir les enzymes de restriction qui montrent le meilleur polymorphisme sur le gel. Un mot clé important est la biodiversité. Le programme est écrit à Perl, utilise des modules de Bioperl et de la bibliothèque GD. Le planificateur RFLP devrait être indépendant de la plate-forme, mais est testé uniquement sur Mac OS X.Eere certaines caractéristiques essentielles du "Planificateur RFLP": · Simulation de gelimages (PNG): chaque séquence une image. Chaque image avec un marqueur de poids moléculaire. Toute enzyme de restriction One Slot. · L'évaluation est effectuée avec toute la base de données d'enzyme de restriction de Bioperl, mais les enzymes souhaitées peuvent également être ajoutées (sites d'enzyménomène ou de restriction) · Les isochimomers ne sont pas utilisés pour des calculs (mais apparaissent dans les fragments résultants.txt) · Les séquences peuvent être coupées à la même longueur ou non, mais pour la gelImage Les séquences d'origine sont utilisées · Les bandes de marqueur de poids moléculaire souhaitée peuvent être étiquetées · Option pour étiqueter des images (avec nom de séquence) · Beaucoup de formats d'entrée et de sortie différents sont pris en charge. (Bioperl) · Abusez le programme pour couper des séquences d'apprêt d'un tas de séquences: 1. Dans une séquence séquence d'apprêt coupée manuellement 2. Importer toutes les séquences (FASTA) 3. Choisissez: trimm = 1, aligné_format = 'FASTA' · Suppression automatique Mauvaises séquences d'alignement · Choisissez la plage d'enzymes de restriction recherchées (4, 6,. -BP Cutter) · Les séquences de complément inverse automatiques (ne fonctionne pas pour une grande quantité de SEQ; si cela ne fonctionne pas, essayez avec moins de séquences, d'alignement exportez-vous à FASTA rejoindre un LL séquences à nouveau, calculez l'ensemble)

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