Molekel une application de visualisation moléculaire libre et open source pour votre Mac
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Molekel Classement & Résumé

Molekel Mots clés

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Molekel La description

Une application de visualisation moléculaire libre et open open source pour votre Mac Molekel est un programme de visualisation moléculaire multiforme open source, facile à utiliser et gratuit. Voici quelques caractéristiques clés de "Molekel": · Lire les données moléculaires de différents formats de fichiers · Molécules d'affichage avec différents styles: Espacefrillage, balle et bâton, boule et fil, bâton, colonne vertébrale (résidus), ruban (résidus), schéma (résidu) · Changer l'atome et la taille des obligations · Lire les couleurs atomes du fichier · Afficher le moment dipolaire (pour les formats moléculaires contenant ces informations) · Animer les atomes utilisant les informations de trajectoire et de vibration disponibles dans certains formats de fichier · Animez des molécules en lecture de fichiers PDB et XYZ multi-images et XYZ · Afficher les flèches pour montrer la vitesse et la direction du mouvement de chaque atome d'animation · Animez les surfaces moléculaires (tout en exportant d'amimation) · Effectuer une distance et des calculs d'angle (dièdre) · Utilisez une sonde plane pour visualiser des champs scalaires (par exemple potentiel électrostatique) et afficher la valeur du champ scalaire à un point spécifique de l'espace 3D. · Visualisez la couleur des iso-surfaces orbitales moléculaires éventuellement codées par couleur avec un potentiel électrostatique. · Visualiser les surfaces générées à partir de matrice de densité éventuellement codée couleur avec un potentiel électrostatique. · Visualisez les surfaces des données de la grille (au format cube gaussien ou en lecture des fichiers Ruban41 ADF) éventuellement codé par couleur avec un potentiel électrostatique. · Surfaces lisses générées à partir de données de grille (gaussien .cube) avec lissage laplacien · Utilisez des données de grille en lecture des fichiers .cube en tant que potentiel électrostatique moléculaire pour mapper sur SAS et SES Surfaces · Calculez la surface accessible aux solvants en tant que surface de l'ISO éventuellement codée par couleur avec un potentiel électrostatique. · Calculer et afficher la surface exclue du solvant, éventuellement en utilisant m.f. Programme de MSMS de Sanner (hautement recommandé), obtenez-le ici · Exporter la molécule vers un certain nombre de formats de fichier moléculaire · Exporter vers POV (expérimental, par OpenBabel) · Exporter vers TIFF, PNG, PostScript et PDF · Soutien des shaders programmables (GLSL) · Visualisation des spectres de rayonnement (infrarouge et Raman) · Rendu multi-passe de haute qualité avec anti-aliasing et rendu correct de surfaces transparentes multicouches · Mélange de modes vibratoires Quoi de neuf dans cette version: · Support supplémentaire pour le pelage de la profondeur pour un rendu correct d'objets transparents; Nécessite une carte OpenGL 2.0 et pourrait ne pas fonctionner correctement sur certains systèmes. Les paramètres de pelage de profondeur affectant la vitesse de rendu / la qualité des objets transparents peuvent être définis via la boîte de dialogue Afficher les propriétés. · Terrain supplémentaire de spectres infrarouges et raman avec sortie PostScript et PDF · Intégré à VTK 5.1 (version CVS puisqu'il n'y a pas encore de libération officielle) · Support ajouté pour anti-aliasing, désactivé par défaut; Peut être activé via la boîte de dialogue Display-> View Propriétés. · Il est maintenant possible de changer de transparence et de couleurs des surfaces orbitales. · Support ajouté pour les réglages persistants dans la boîte de dialogue Surface de la densité électronique. · Ajout de nouvelles shaders de rayons X qui fonctionnent correctement avec VTK 5.1. Bugs fixes: · 392 - Ajoutez une prise en charge de la saisie de jeux multi-molécules · 401 - Impossible de supprimer Connolly Surface · 403 - Support de ligne de commande · 404 - Erreur lors de la lecture de données orbitales moléculaires moulées · 405 - Transparence non compatible pour les deux couleurs orbitales (dépendant de la carte / pilote spécifique) · 406 - Animation fonctionne après avoir supprimé la molécule · 408 - Demande de fonctionnalité: Démarrer l'indice orbital de zéro · 420 - Paramètres non enregistrés lors de la fermeture de la fenêtre · 421 - Surface des données de la grille: Rapport de temps écoulé mal · 422 - Impossible de sauver des animations avec des SES transparents

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