Macclade MACCLADE - Un logiciel conçu pour l'analyse phylogénétique.
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Macclade Classement & Résumé

Macclade Mots clés

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Macclade La description

Maccclade - un logiciel conçu pour l'analyse phylogénétique. MacClade est un programme informatique pour l'analyse phylogénétique écrite par David Maddison et Wayne Maddison. Sa force analytique est dans les études de caractère Evolution.Maccyclade dispose également d'outils permettant de produire des diagrammes d'arbres et des diagrammes en entrant et en modifiant des données et des phylogénies. Certaines fonctionnalités clés de "MACCLADE": modification des données · Il existe de nombreuses modifications dans l'éditeur de données MACClade, y compris de nombreux nouveaux modes d'affichage et des outils d'édition. Certaines d'entre elles sont générales, mais la majorité sont conçues pour être utilisées avec des données de séquence moléculaire. Nous en mentionnerons ici quelques-uns d'entre eux.Display des données · Il existe de nombreuses options pour la manière dont les données peuvent être affichées. Voici deux exemples. · Vous pouvez demander à MacClade de colorer des cellules de données afin que les motifs de variation de l'état soient plus évidents. · Avec des données de nucléotides codant en protéines, vous pouvez demander à MACCLADE de montrer la traduction de l'acide aminé. Cette traduction est "live", dans le sens qui modifie les nucléotides, par exemple en utilisant les outils d'alignement (voir la section suivante), entraîne des mises à jour immédiates aux acides aminés montrés.Tools dans l'éditeur · dans Macclade 3, il y a Un seul outil disponible dans l'éditeur: la flèche. MacClade 4 dispose d'une palette d'outils avec 17 séquences à outilsConsensus · Macclade 4 peut calculer et afficher des séquences de consensus. Il existe plusieurs options pour le calcul, ce qui permet d'afficher des séquences de consensus de la stringence variable. · Liste Windows et la sélection et la manipulation des objets · Dans MACCCADE 3, une fenêtre d'état du caractère qui répertorie les caractères et leurs différentes propriétés. Ceci est la fenêtre dans laquelle vous pouvez modifier les poids et les types d'un personnage. Dans MACCLADE 4, la fenêtre de la liste de caractères a été très améliorée et il existe maintenant également des fenêtres équivalentes pour taxons, arbres, piles, jeux de caractères, ensembles d'inclusion, ensembles de caractères et ensembles de taxon. Dans ces fenêtres, vous pouvez renommer, réorganiser, supprimer et modifier ces objets.interactions avec Paup · Il existe un certain nombre de fonctionnalités ajoutées à MacClade 4 pour améliorer les interactions entre PAUP et MACCADE. Voici trois exemples: NEXUS Block Management · Vous pouvez maintenant manipuler divers blocs Nexus contenus dans le fichier de données, y compris les blocs de PAUP. Cela permet d'éditer des commandes que Paup traitera lorsqu'il exécute les arbres de fichier.constraint · Vous pouvez demander à MacClade d'enregistrer l'arborescence à l'écran sous forme d'arborescence de contrainte. Si vous faites cela, enregistrez le fichier dans MACCCADE, puis ré-exécutez-le dans Paup *, la contrainte sera disponible pour une utilisation avec la recherche et la filtrage de Paup.Decay Index · tandis que MACCADE 4 ne calcule pas les indices de décoms (valeurs de support Bremer ) elle-même, il créera un fichier PAUP contenant les commandes de texte nécessaires au calcul des valeurs d'indice de décomposition de toutes les clades sur l'arborescence de la fenêtre de l'arborescence de Maccadade. Si vous exécutez ensuite ce fichier dans Paup, PAUP effectuera toutes les recherches appropriées pour calculer les indices de décomposition.Limitations: · Enregistrer Désactivé Quoi de neuf dans cette version: · Afficher le nombre d'incertitudes ou de polymorphismes dans la fenêtre de la liste des taxons.

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