Lalnview outil pour visualiser des alignements locaux entre deux séquences
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voir téléspectateur alignement alignement de séquence Voir l'alignement visionneuse d'alignement

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Outil pour visualiser des alignements locaux entre deux séquences LALNView est un programme graphique gratuit et open source permettant de visualiser des alignements locaux entre deux séquences (protéines ou acides nucléiques). Les séquences sont représentées par des rectangles colorés pour donner une image globale des similitudes entre les deux séquences. Les blocs de similitude entre les deux séquences sont colorés selon le degré d'identité entre Segments.LalnView est également capable d'afficher des fonctionnalités de séquence (site actif, domaine, motif, propptide, exon, intron, promoteur, etc.) ainsi que l'alignement. Cela permet de faire le lien entre la similarité de séquence et les fonctions connues. Lorsque vous utilisez LALNView via ces serveurs, les fonctionnalités de séquence sont automatiquement extraites des annotations de base de données et affichées avec les séquences de texte Alignement.Full sont affichées dans une fenêtre secondaire. En cliquant sur un bloc, l'utilisateur peut visualiser l'alignement local correspondant. Domaine peut être répété dans une séquence, un clic itératif sur un bloc affichera successivement tous les blocs similaires qui se produisent dans l'autre séquence.

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