Jalview Un éditeur d'alignement multiple gratuit écrit en Java
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voir aller chercher Éditer éditeur d'alignement Visionneuse de protéines Chasseur de séquence

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Un éditeur d'alignement multiple gratuit écrit en Java JALVIEW est un outil open source utilisé largement dans une variété de pages Web (par exemple, le serveur EBI Clustalw et la base de données du domaine de la protéine PFAM), mais sont disponibles comme éditeur d'alignement à usage général. Voici quelques caractéristiques essentielles de "JALVIEW": Interface utilisateur: · Mise en évidence liée du codon et de l'acide aminé à partir de produits de traduction et de protéines · Mise en évidence liée de la structure associée au mappage des résidus à la position du codon · Le fetcher de séquence fournit des exemples de numéros d'adhésion et du bouton 'Effacer' · MemoryMonitor ajouté en option dans le menu Outils de bureau · Extraire la fonction de score pour analyser les données numériques séparées de WhitSpace dans la ligne de description · Les étiquettes de colonnes en annotation d'alignement peuvent être centrées. · Toottip pour l'annotation associée à la séquence Donner le nom de la séquence Services Web et URL Vérification: · Service Web JPRed3 · Prototype Séquence de recherche client (aucun service public disponible) · Fetchez l'alignement de la graine ou l'alignement complet de PFAM · Liens d'URL créés pour assortir les références croisées de la base de données ainsi que l'ID de séquence · Les liens d'URL peuvent être créés en utilisant des expressions régulières Connectivité de la base de données de séquence: · Récupération des séquences croisées à partir d'autres bases de données · Récupération généralisée de référence de référence de base de données et validation à toutes les bases de données récupérées · Fetch séquences de sources DAS prenant en charge la commande de séquence · Importer et exporter des lignes d'annotation d'exportation comme CSV pour l'importation de feuille de calcul · Associations de données d'alignement d'alignement de projets JALVIEWS, les produits EMBL et les mappages de séquence d'ADNc · La couleur de groupe de séquence peut être spécifiée dans le fichier d'annotation · Coloration ad-hoc de groupe dans le fichier d'annotation utilisant le triplet RGB comme nom de Colourscheme · Capacités du client VAMSAS (expérimental) · Reliure Treenode pour échange d'arbres Vamsas · Édition locale et mise à jour des séquences dans les alignements Vamsas (expérimental) · Créer une nouvelle ou sélectionner une session existante à rejoindre · Charger et sauvegarder des documents VAMSAS Ligne de commande d'application: · Paramètre d'arbre pour ouvrir les arbres (introduit pour passer de l'applet) · Argument de ligne de commande FetchFrom Pour spécifier des surnoms des serveurs DAS à la requête des fonctionnalités d'alignement · Argument de ligne de commande DASserver pour ajouter de nouveaux serveurs qui sont également automatiquement interrogés pour les fonctionnalités · L'argument de ligne de commande Groovy exécute un script groovy donné après que toutes les données d'entrée ont été chargées et analysées Échange de données d'applications Applète: · Les arbres passés sous forme de paramètres d'applet peuvent être transmis à une application (lors de l'utilisation de "Affichage en pleine application") Paramètres d'applet: · Paramètre de contrôle d'affichage du groupe de fonctionnalités · Paramètre de débogage · Paramètre showbutton Méthodes API d'applet: · Méthode Public NewView · Fenêtre (vue actuelle) Obtenir / définir des méthodes publiques · Méthodes de contrôle d'affichage des fonctionnalités · Obtenir la liste des séquences actuellement sélectionnées Nouvelles fonctionnalités de distribution JALView: · Installateur d'installation installateur amélioré vers IA 2008 VP1 · Le fichier de publication donne des propriétés de construction pour la dernière version JALVIEW. · Java 1.1 Applet Build Construction a facilité et donotobfuscez des commandes de propriété Exécution d'Obfuscator · Créer une cible pour générer une distribution de source · Drapeau de débogage pour Javacc · .Jalview_properties Fichier est documenté (légèrement) dans jalview.bin.cache · Intégration constante de la version pour la version de l'application stable et de développement, Exigences: · Java

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