Jaligner L'algorithme Smith-Waterman implémenté dans Java pour une alignement de séquence de paires locale biologique
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Jaligner Classement & Résumé

Jaligner Mots clés

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Jaligner La description

L'algorithme Smith-Waterman implémenté en Java pour un alignement de séquence de paires local biologique Jaligner est une mise en uvre de Java open source de l'algorithme Smith-Waterman avec l'amélioration de GotOH pour l'alignement de la séquence de paires de paques locales biologiques à l'aide du modèle de pénalité de l'affine. Voici quelques caractéristiques clés de "Jaligner": · La complexité spatiale pour effectuer la programmation dynamique avec la matrice de scores de similarité principale et les 2 matrices d'écarts auxiliaires sont réduites de O (m? N) à O (n), où M et N sont les tailles de la séquence verticale et de la séquence horizontale respectivement, en utilisant suffisamment de matiers monocensionnels de taille N au lieu des matrices d'origine bidimensionnelles de taille M? n. · La matrice bidimensionnelle de taille M? N, pour maintenir les instructions de la traçabilité (diagonale, gauche, haut et stop), est mappée dans une matrice monocensionnelle de taille M? N. Cette approche accélère le processus d'allocation de la mémoire car la machine virtuelle Java (JVM) tente d'attribuer une matrice monocensionnelle de M? N "octets" (type de données primitive), au lieu de tenter d'allouer un tableau d'objets de M "Objets". , chacun d'entre eux est un "tableau" de n octets. · En plus des 7 matrices de notation déjà incluses, qui ont été ramassées à partir du site NCBI, Jaligner fonctionnera également avec des matrices de notation définies par l'utilisateur. · Il est facile d'utiliser Jaligner via une interface utilisateur graphique amicale (GUI), une syntaxe de ligne de commande simple ou une interface d'application de programmation réutilisable (API).

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