Dawgpaws aide à un groupe de travail d'annotation distribué (DAWG) dans l'annotation de séquence des contiguations de la taille d'un bac
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Dawgpaws Classement & Résumé

Dawgpaws Mots clés

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Dawgpaws La description

Assiste un groupe de travail d'annotation distribué (DAWG) dans l'annotation de séquence des contiguations de la taille d'un bac Dawgpaws est une suite de programmes de ligne de commande rédigés dans Perl qui accélère l'annotation de gènes et des éléments transposables dans les génomes végétales en automatisant le processus de gestion des programmes d'annotation et facilitant la curation de l'annotation des preuves combinées.Sait que cette suite de logiciels a été initialement écrite pour annoter le blé à échantillon aléatoire. BACS, il est fait référence à un pipeline pour annoer les séquêtes de blé (Paws). Bien que ces programmes aient été initialement conçus pour le blé, les scripts peuvent également être facilement appliqués à presque tous les pipelines d'annoation de séquence eucaryote.Les scripts de cette suite sont conçus pour faciliter la génération de débits élevée de résultats de calcul pour l'annotation génique et l'annotation d'éléments transposables à l'aide d'un Nombre de programmes d'anotation de séquence existants. Ces résultats sont convertis de la sortie native des programmes d'annotation individuels au format de fichier GFF standard. Étant donné qu'un fichier GFF est un fichier texte à onglet simple, plusieurs résultats informatiques pour une séquence unique peuvent facilement être concaténés ensemble à l'aide d'outils de maninpulation de texte standard tels que CAT; Preuve que les chats et les Dawgs peuvent bien jouer ensemble. Dawgpaws fournit des outils supplémentaires pour faciliter l'utilisation de l'outil de commission d'annotation d'Apollo Génome pour la visualisation et la curation des résultats de calcul. Voici quelques caractéristiques clés de "Dawgpaws": · Manipulation de fichier FASTA pour préparer des séquences pour le pipeline d'annotation · Annotation des lacunes dans les assemblages de séquence · Exécution des programmes d'annotation des éléments d'AB Initioio Gene et d'élément transposable dans un pipeline à haut débit · Pipeline de souffle adapté à une utilisation dans un cadre d'informatique de cluster · Conversion de la sortie du logiciel d'annotation au format de fichier GFF commun · Conversion des fichiers GFF sur le format de jeu.xml · L'aide est disponible dans tous les programmes de ligne de commande à l'aide de drapeaux de ligne de commande. Les informations d'aide et les fichiers manuels complets sont toujours en cours de développement pour certains programmes · Les pages manuelles pour les programmes individuels sont disponibles sur le site Web Dawgpaws et incluent le téléchargement de la suite Dawgpaws.

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