Cytoscape Plate-forme logicielle à bioinformatique open source pour visualiser les réseaux d'interaction moléculaire et les voies biologiques
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Cytoscape Classement & Résumé

Cytoscape Mots clés

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Cytoscape La description

Plate-forme logicielle de bioinformatique open source pour visualiser les réseaux d'interaction moléculaire et les voies biologiques Cytoscape est une plate-forme logicielle bioinformatique open source pour visualiser les réseaux d'interaction moléculaire et les voies biologiques et l'intégration de ces réseaux avec des annotations, des profilés d'expression de gènes et d'autres données d'état. Bien que Cytoscape a été conçu à l'origine pour la recherche biologique, il s'agit désormais d'une plate-forme générale pour une analyse complexe de réseau. et la visualisation. La distribution Cytoscape Core fournit un ensemble de fonctionnalités de base pour l'intégration et la visualisation des données. Des fonctionnalités supplémentaires sont disponibles en tant que plugins. Les plugins sont disponibles pour les analyses de profilage réseau et moléculaire, support de format de fichier supplémentaire, script, nouvelles dispositions et connexion avec des bases de données.plugins peuvent être développés par toute personne utilisant l'API Cytoscape Open basée sur la technologie Java et le plug-in que le développement communautaire est encouragé. Voici quelques caractéristiques essentielles de "cytoscape": Soutient de nombreuses normes: · Cytoscape prend en charge de nombreux formats de fichiers de réseau et d'annotation standard, notamment: SIF (format d'interaction simple), GML, XGMML, BIOPAX, PSI-MI, SBML, OBO et Gene Association. Les fichiers texte délimités et le classeur MS Excel sont également pris en charge et vous pouvez importer des fichiers de données, tels que des profils d'expression ou des annotations de Go, généré par d'autres applications ou des programmes de tableur. En utilisant cette fonctionnalité, vous pouvez charger et sauvegarder des attributs arbitraires sur les nuds, les bords et les réseaux. Par exemple, entrez un ensemble de termes personnalisés d'annotation pour vos protéines, créez un ensemble de valeurs de confiance pour vos interactions protéique-protéine. Clients de service Web: · Cytoscape fonctionne comme client de service Web. Cela signifie que CyCape peut se connecter directement aux bases de données publiques externes et aux données de réseau et d'annotation importées. Actuellement, Pathway Commons, Intact, Biomart, NCBI Entrez Gene et PICR sont pris en charge. Et nous continuons à développer de nouveaux clients de services pour des bases de données populaires. Interopérabilité: · Depuis que Cytoscape prend en charge les formats de fichier standard d'importation / exportation, vous pouvez facilement mettre CyCapape dans votre flux de travail. Par exemple, si vous avez des données réseau générées par Igraph ou Bioconducteur, Cytoscape peut charger le fichier sous forme de tableau de texte et vous pouvez l'exporter au format PSI-MI pour d'autres outils bioinformatiques ou vos propres programmes / scripts. Fichier de session: · Vous pouvez enregistrer votre travail en un seul clic. Tous les paramètres, fichiers de données et visualisations sont emballés dans un fichier de session. C'est ce qu'on appelle le fichier de session CyCape (.cys). Le fichier de session Cytoscape comprend des réseaux, des attributs (pour le nud / bord / bord / réseau), les états de bureau (nuds sélectionnés / cachés et bords, tailles de fenêtre), propriétés, certains états de plug-in et styles visuels. Exigences: · Java SE 5 ou plus tard

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