Converser Conflexe - Un programme capable de rechercher l'espace de conformation d'une molécule flexible pour trouver toutes les structures optimales
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chimique drogue Découverte découverte de médicament ingénieur chimiste Recherche de conformation

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Conflexe - Un programme capable de rechercher l'espace de conformation d'une molécule flexible pour trouver toutes les structures optimales Unique au confort est sa capacité à rechercher complètement l'espace de conformation d'une molécule flexible pour trouver toutes les structures optimales de conformres chimiquement significatives. Conflexe, contrairement à d'autres applications d'optimisation de la géométrie, ne détermine pas uniquement les structures optimisées localement qui dépendent d'une entrée de structure initiale par l'utilisateur.Utiliser plusieurs stratégies uniques, Conflexe peut rechercher de manière exhaustive l'espace de conformation pour identifier les structures les plus stables: · aval / réservoir- Remplissage · Limite de recherche variable · Trois modes de perturbation (rabat de coin uniques, retournement de bord et rotation par étapes) · Les résultats de calcul pré-checkconflex peuvent être émis dans une variété de formats permettant leur utilisation dans des applications pour les calculs AB-Initio ou les applications de visualisation Tels que Barista.Eere sont des caractéristiques essentielles de «Conflexe»: · Recherches de conformation exhaustives · Fast et très précis · Poignées de grandes molécules · Option d'informatique parallèle · Disponible en tant que moteur autonome ou avec interface barista · Plans de licence abordables. Rondages: · REDHAT Linux 7.1 et UP · processeur de 1,0 GHz et up · 40 Go Espace disque · Mémoire de 256 Mo minimumlimitations: · Vous devez envoyer un e- mail afin de recevoir une licence de période d'essai de 30 jours. Quoi de neuf dans cette version: · Emballage en cristal de conformers · Remplacer les résidus d'acides aminés · Effet solvable · Conflexe peut maintenant calculer l'énergie à l'aide du modèle de solvant né général (GB / SA). · Forcer les options de champ · Quasi-interaction · Les utilisateurs peuvent ajouter l'effet quasi-interaction au champ Force. Les utilisateurs peuvent également inclure des restrictions supplémentaires pour spécifier les informations structurelles. · Charge de point · Les utilisateurs peuvent définir la charge du point sur chaque atome. Pour les utilisateurs gaussiens, on peut appliquer la charge partielle calculée par Gaussien et estimer les interactions électrostatiques. · Options d'optimisation de la structure · Basculer entre une optimisation de la structure rapide et précise · Convergence et itération · Les utilisateurs peuvent spécifier les critères de convergence et le nombre d'itérations pour chaque méthode d'optimisation. · Option de recherche de conformation · Conflexe reconnaît les configurations R / S d'atomes chiraux et E / Z de doubles liaisons. Les utilisateurs peuvent maintenant ajouter votre propre configuration absolue d'atomes. · Option de liaison peptidique · Conflexe reconnaît les liaisons rotatives et ajoutez-les à la liste de rotation progressive. Les utilisateurs peuvent exclure les liaisons peptides (CO-NH), les liaisons Phi-PSI (CONH-CA-CONH) ou les liaisons de chaîne latérales d'une liste de rotation pas à pas. · Analyse de la dynamique du mode normal · En combinant de multiples mode vibratoire, des analyses conflexes dynamique moléculaire. Cela permet aux utilisateurs d'analyser une réaction ou un chemin de pliage, etc.

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