nebgbhist Histoires d'annotation des fichiers Genbank.
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Bibliothèque Python histoires annotation Genbank Histoires d'annotation

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Annotation Histoires de Genbank Files. Nebgbhist contient des outils pour l'antécédents d'annotation de multiples fichiers Genbank.Example: $ MKDIR GBHIST $ NEB-REV-FETCH -D GBHIST NC_008512 $ NEB-GBHIST -D GBHIST | Neb-diff-appliquer nc_008512.git $ git --git-dir = nc_008512.git gc --Aggressif $ néné-validate-history -p nc_008512.git -g gbhist / 2009-04-29-04-04.gbkjouer avec FilesIf vous clonez le référentiel de pack après la construction, vous pouvez fouiller sur le contenu du système de fichiers. Pour les génomes plus importants avec de nombreuses modifications, cela peut exécuter des limites d'entrée de répertoire jusqu'à ce que je réécrit le stockage de l'objet. Pour l'exemple Carsonella (NC_008512), j'utilise qu'il n'y a pas de problème. $ CLONE NC_008512.GIT $ CD NC_008512.GIT -1ACCESSION DLINK Mots-clés d'objets / SEQ / VersionComment Définition Localiser Ref / SourceFiles dans le répertoire racine définie dans le Fichier Genbank. Les sous-répertoires REF et SEQ contiennent des informations sur les références et les haubes de séquence. Le répertoire d'objets répertorie les fonctionnalités de l'historique. Les fichiers objets / connus et objets / vivants sont des dictionnaires de hachages qui pointent vers la version actuelle d'une fonctionnalité à un emplacement donné. Les fonctionnalités actives sont tout ce qui n'est pas supprimé ou remplacé par une nouvelle version.Developer Commentaires recommandé de travailler avec NEBPACK.PACK Objets si vous souhaitez effectuer quelque chose avec les objets. Exigences: · Python

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