mcl-algorithme MCL-ALGORITHM est un algorithme de grappe évolutif pour les graphiques à base de flux stochastique.
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McL-ALGORITHM est un algorithme de grappes évolutif pour les graphiques à base de flux stochastique. McL-ALGORITHM est un algorithme de grappes évolutif pour les graphiques à base de flux stochastique.Le processus d'écoulement utilisé par l'algorithme est mathématiquement du son et de manière intrinsèquement liée à la structure de grappes dans des graphiques, qui est révélée comme l'empreinte laissée par le processus. La mise en uvre filetée a manipulé des graphiques allant jusqu'à un million de nuds en quelques heures et est largement utilisé dans le domaine de l'analyse de la famille des protéines. Il est livré avec une large gamme d'utilitaires de fronton pour manipuler et analyser des graphiques, des matrices et des clusterings. L'algorithme MCL simule l'écoulement utilisant (alternance) deux opérations algébriques simples sur matrices. Sa formulation est simple et élégante. Il n'existe pas d'instructions de procédure de haut niveau pour l'assemblage, la jonction ou la scission des groupes - la structure de grappes est bootstrapped via un processus d'écoulement qui est intrinsèquement affecté par une structure de grappes présente. La première opération utilisée par MCL est une expansion, qui coïncide avec une multiplication de matrice normale. Modèles d'expansion La propagation du débit, il devient de plus en plus homogène. La seconde est une inflation, qui parle mathématiquement une puissance hadamard suivie d'une échelle diagonale. Modèles d'inflation La contraction du flux, elle devient plus épaisse dans des régions de courant et de diluant plus éloignées dans les régions de courant inférieur. Le processus MCL provoque une propagation de flux dans les grappes naturelles et s'évaporera entre entre eux. En variant les paramètres, des clusterings sur différentes échelles de granularité peuvent être trouvés. Le nombre de clusters ne peut pas et ne doit pas être spécifié à l'avance, mais l'algorithme peut être adapté à différents contextes. Le problème "Combien de grappes?" n'est pas traité de manière arbitraire, mais plutôt par une forte logique interne. La structure du grappe laisse ses marques sur le processus d'écoulement simulé par l'algorithme et les paramètres de débit contrôlent la granularité de l'empreinte de grappes. La limite du processus MCL (le processus simulé par l'algorithme) est généralement extrêmement clairsemé et les Iterands sont clairsemés dans un sens pondéré. Cela donne aux moyens d'élargir l'algorithme radicalement, ce qui entraîne une complexité du pire des cas NK ^ 2, où n est le nombre de nuds du graphe d'entrée et où K est un seuil pour le nombre de ressources allouées par nud. Le taux de convergence du processus MCL et la projection des Iterrands a ensuite sur le regroupement résultant, donnez des crochets pour un réglage de paramètres non supervisé. Les itherands du processus MCL ont des propriétés structurelles qui permettent une interprétation de grappes et qui généralisent la cartographie des limites MCL sur des clusterings. Les mathématiques associées au processus MCL montrent qu'il existe une relation intrinsèque entre le processus MCL et la structure de grappes dans des graphiques. Cela est très utile compte tenu des nombreuses approches heuristiques de l'analyse des grappes. Quoi de neuf dans cette version: · Cette version améliore la prise en charge de la lecture et de la transformation des données Array. · MCL a acquis une option permettant de déposer des graphiques d'entrée et des modes d'analyse ont été divisés et sont maintenant disponibles en mode dans le programme CLM. · Un bogue introduit dans le MCL-09-182 dans les routines d'interprétation du cluster a été corrigé. · Le programme MCX peut désormais calculer à la fois l'excentricité des nuds et la centralité entre l'entretien parallèle sur plusieurs machines et plusieurs threads. · Des améliorations mineures ont été apportées tout au long de la suite de programmes.

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