Système de référence de bioinformatique Le système de référence bioncorformatique est un système de référence de bioinformatique pour la mesure de la performance de la plate-forme.
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Système de référence de bioinformatique Classement & Résumé

Système de référence de bioinformatique Mots clés

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Système de référence de bioinformatique La description

Bioinformatics Benchmark System est un système de référence de bioinformatique pour la mesure de la performance de la plate-forme. Le système de référence bioinformatique est une tentative de construction d'un cadre de test, de tests et de données raisonnables, de permettre aux utilisateurs finaux et aux fournisseurs de sonder la performance de leurs systèmes. Ce que nous essayons de faire est de créer un cadre de test et un noyau Ensemble de tests que tous peuvent télécharger et utiliser pour rechercher des éléments spécifiques de Systems Performances.Morever, la source de ces tests sont disponibles sous GPL et sont hébergées sur bioinformatique.org et informatique évolutive LLC L'idée est d'activer les utilisateurs finaux, les consommateurs, Les développeurs de systèmes, et d'autres personnes à construire et à utiliser facilement des tests significatifs pour les raisons de mesure et de syntonisation. Joe Landman de Scalable Informatics LLC a conçu l'idée et a écrit les codes d'origine. Nous recherchons des suggestions de codes de référence supplémentaires, des tests, des ensembles de données, etc. Les tests de base de la NCBI sont multiples NCBI, plusieurs pistes HMMER et une variété d'autres. Nous prévoyons inclure Clustalw, X! Tandem, diverses chimies, dynamiques et tests connexes, ainsi que plusieurs autres, tels que Linkack ou HPL, ne fournissent simplement pas d'indicateurs de performance significatifs ou de modèles prédictifs pour des informaticiens hautes performances. Malheureusement, ni un certain nombre de tests plus récents et axés. Cela est un problème que Linkpack et HPL testent spécifiquement les performances sur diverses opérations matricielles, où vous disposez de modèles d'accès à la mémoire régulière et d'opérations mathématiques spécifiques. Ces codes sont les plus utiles pour Comparaison avec les codes avec des opérations de point flottant lourdes et le trafic de mémoire entrelacé. Ces codes n'ont pas été conçus pour l'analyse comparative des systèmes complets, où les E / S du disque, la latence de la mémoire et d'autres facteurs contribuent tous aux problèmes de performance. Les meilleurs tests sont ceux qui sont les plus similaires aux codes que vous exécuterez sur la machine. Les tests eux-mêmes devraient être des approximations raisonnables à une réelle exécution de votre code, en utilisant des données réelles. Vous devrez peut-être le taper afin d'obtenir des horaires de course réalistes. Vous devriez avoir un sous-ensemble raisonnable de tailles de données. Un seul test ne vous dit pas comment vos échelles de système et l'une des raisons de l'existence de ce test sont spécifiquement de vous permettre de tester les performances pendant que vous augmentez divers aspects de la charge de travail. Vous obtenez rarement un système de repos dans un cluster. Nous vous recommandons donc d'essayer de courir aussi réaliste un environnement d'exploitation que possible. Une base de référence dans un système de repos est bien, mais cela peut définir vos attentes de manière déraisonnable.Top

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