Paquet Staden Package est un ensemble entièrement développé d'outils d'assemblage de séquence ADN, d'édition et d'analyse.
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Paquet Classement & Résumé

Paquet Mots clés

analyseur de données séquence Assemblée ADN Séquence d'ADN assemblage de séquence

Paquet La description

Le paquet Staden est un ensemble entièrement développé d'outils d'assemblage, d'édition et d'analyse de l'ADN. Staden Package est un ensemble entièrement développé d'un ensemble de séquences d'ADN (GAP4), d'outils d'édition et d'analyse (SPIN) pour UNIX, Linux, MacOSX et MS Windows.Le gap4 Front Il y a eu plusieurs jointures mineures associées à la manière dont il marque les scores à trouver Les jointures internes et la fonctionnalité de la touche Align de l'éditeur de jointure.Aso de conséquence à GAP4 sont les différentes modifications apportées à io_Lib (Thelibrary pour tous les E / S à différents formats de fichier de trace). Avec l'aidation d'un nouveau programme HASH_EXP, il permet désormais d'expérimenter des fichiers de manière à être opposés ensemble et indexés. La liste des fichiers d'expérimentation Namesshould Stil soit fournie à GAP4, mais à condition que l'environnement exp_path a été défini correctement GAP4 pourra chercher des informations individuelles hors de l'expérience concaténée de l'expérience. Les améliorations apportées à l'interface utilisateur pour cela encore besoin de Bemade.454 SFF Archives sont maintenant mieux soutenues. Le travail des indicesNow de DEFSULT 454, bien que le programme Hash_SFF puisse être utilisé pour fournir une stratégie d'indexation analnerative (éventuellement plus rapide dans certains cas) .gap4 et Trev ont également un autre style d'affichage de trace pour les traces 1 échantillon de numérisation (X4 canaux) par appel de base. Dans ce cas, il peut dessiner 4 valeurs de confiance au lieu de 1 par base. Ces aptitudes ne permettent pas d'intégrer une meilleure intégration des traces Solexa lorsqu'il est plus facilement disponible. Bien sûr, bien sûr le mélange habituel de corrections de bogues et de modifications mineures. Voir le journal des modifications duulLL pour plus de détails (via le site Sourceforge) .autres changements notablesGap4 · Diverses améliorations des candidats SNP. Le "décalage de corrélation" est maintenant réglable (cela contrôle le score moyen de corrélation nécessaire avant que les groupes soient pris en compte pour la fusion automatique). Les appels de la base du SNP fonctionnent désormais en générant un consensus plutôt que de nécessiter une identité de 100%. Il saute maintenant des séquences contenant une note de REF. La fusion peut être forcée jusqu'à ce que le nombre de groupes soit inférieur ou égal à une quantité prédéterminée (NB: pas généralement idéal). · Les tampons de diffusion ont maintenant un paramètre "taille de bande" pour les alignements. Aussi bug fixé dans divers endroits. · La commande Old Editor Shuffle a été remplacée par des coussinets de bande. Il ne supprime maintenant que des colonnes entières de tampons et ne fait aucun mouvement de coussinet. cas. Il a également maintenant des boutons de chaque côté du bouton "Aligner". Celles-ci ancrez une extrémité de l'alignement à la position de chevauchement de courant, puis alignent uniquement de ce point à gauche ou à la droite. Cela aide à forcer un alignement à l'ancre à un emplacement spécifique qui est utile lors de l'alignement des données consistant en plusieurs éléments de répétition. · Les alignements trouvés par Trouvez des jointures internes prennent en compte le score d'alignement en plus de l'identité en pourcentage. Cela signifie que non plus un chevauchement de 100% à 100% d'identité soit considéré comme un meilleur chevauchement qu'un chevauchement de 2 ko à une identité de 99%. · La fenêtre de navigation de la contig dispose désormais de la page de page et de la page principale pour le match précédent et suivant. Il a également la possibilité d'afficher automatiquement des traces dans les régions appropriées à l'aide des éditeurs de Contig "traces d'affichage automatique". · La fenêtre "Affichage de l'affichage". · La fenêtre "Affichage de la liste" a maintenant un bouton Enregistrer.IO_LIB · Nouveaux programmes: haash_exp, hash_sff, append_sff, extrayant_fastq . · Ajout de variables d'environnement Trace_Path et exp_Path à utiliser de préférence à Rawdata (lorsqu'il est défini). · Utilise maintenant libcurl au lieu de wget pour une extraction de trace Web beaucoup plus rapide.

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