Grammée Abondance relative du génome utilisant des modèles de mélange
Télécharger maintenant

Grammée Classement & Résumé

Grammée Mots clés

Bibliothèque Python génome abondance métagénomique Modèles de Mélange métagénomique abondance

Grammée La description

Abondance relative du génome utilisant des modèles de mélange Grammy est un module Python qui fournit des outils pour l'estimation de l'abondance métagénomique basée sur des partitions de probabilité de lecture (alignement ou la composition basées sur la composition) est un cadre informatique développé pour l'abondance relative du génome à l'aide de l'estimation basée sur la théorie des modèles de mélange (grammée). Une estimation précise de la composition de la communauté microbienne basée sur les données de séquençage métagénomique est fondamentale pour l'analyse de la métagénomique. Les méthodes d'estimation préventives sont principalement basées sur la résumation directe des résultats d'alignement ou ses variantes; entraîne souvent des estimations biaisées et / ou instables. Nous avons développé l'abondance relative du génome à l'aide de la théorie des modèles de mélange (grammée) L'estimation de l'estimation de l'abondance relative du génome basée sur le fusil de chasse lue.Gammy a été démontrée pour donner des estimations précises et robustes sur les jeux de données de référence simulés et réels. Exigences: · Python

Grammée Logiciels associés