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Go :: La vue est un module Perl crée une image GIF ou PNG pour visualiser le go Dag. Go :: La vue est un module Perl qui crée une image GIF ou PNG pour visualiser le module GO DAG.CHIS PERL génère un graphique qui affiche les relations parent et enfant d'un terme sélectionné. Il fournit également la visualisation du module Go :: TerminFinder PERL créé par la base de données Stanford Microarray (SMD). Ce module est utile lors de l'analyse des résultats expérimentaux ou informatiques qui produisent un ensemble de produits gènes pouvant avoir une fonction courante ou un processus. Synopsis utilise :: View; My $ GoView = Go :: View-> Nouveau (-Goid => $ GOID, -ontologyProvider => $ ontologie, -AnnotationProvider => $ Annotation, -Termfinder => @pvalues, -ASPECT => 'P', -ConfigFile => $ coneffile, -imagedir => "/ tmp", -Imageurlroot => "http://www.abc.com/tmp", -imagename => "goview.88.png", -tree => 'up ', -nodeURL => $ gourl, -geneurl => $ Geneurl, -pvaluecutoff =>' 0.01 ', -imagelabel => "SGD"); argument requis attendez-vous à des données et à type ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ------------------------------ -GOID Aucun identifiant d'ontologie génétique (GOID). Si rien n'est transmis, le module utilisera le sommet de chaque branche d'ontologie (i.e, maine pour moléculaire_fonction, biologique_process ou cellulaire_component) -ontologyProvider Oui Un fournisseur d'ontologie. -AnnotationProvider pas d'une instance de fournisseur d'annotation. Il est nécessaire pour la création d'arbres pour le résultat du Finder Term Go. -TermFinder Aucun tableau de références de hachage renvoyés dans la méthode de «FindTerms» de Go :: Module TerminFinder. Il est nécessaire pour la création d'arbres pour le résultat du Finder Term Go. -Avoir non. L'aspect du fournisseur d'ontologie. Il est nécessaire pour la création d'arbres pour le résultat du Finder Term Go. -Configfile Oui Le fichier de configuration permettant de définir les variables générales de l'écran graphique. -Imagedir Oui, le répertoire de stockage du fichier image nouvellement créé. Il doit être mondial (personne) lisible et écritable si vous souhaitez afficher l'image sur le Web. -ImageURLROOT NO L'URL racine pour le -imagedir. Il est requis si vous souhaitez afficher l'image sur le Web. -imagename pas le nom du fichier image. Par défaut, le nom sera quelque chose comme 'goview.xxxx.png'. Le «XXXX» sera l'ID de processus. Un suffixe pour l'image (.png ou .gif) ne doit pas être fourni, car cela sera déterminé au moment de l'exécution, en fonction des capacités de la bibliothèque GD. -Treetype no. Le type d'arbre. 1. UP => Affiche l'arbre de l'ancêtre pour la maine donnée. 2. Down => Affiche l'arborescence descendante pour la maine donnée. Par défaut, il affichera l'arborescence descendant. -geneurl pas l'URL pour chaque gène de lien vers. Il doit avoir le texte dans l'URL qui sera substitué par le réel GOID pour un nud. -NODEURL NO L'URL pour chaque nud Go à lier à. Il doit avoir le texte dans l'URL qui sera substitué par le réel GOID pour un nud. -Pvaluecutoff pas de coupure de la valeur P pour afficher le graphique pour le Finder à terme Go. La valeur par défaut est 0.01 -imagelabel NO L'étiquette d'image qui apparaîtra au coin inférieur gauche de la carte. ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- -------------------------- Pour afficher l'image sur le Web: $ GoView-> spectaclegraph; Pour créer et renvoyer le nom du fichier image avec le chemin complet: My $ imagefile = $ GoView-> CreateImage; Exigences: · Perl

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