Environnement de simulation d'électrophysiologie cellulaire L'environnement de simulation d'électrophysiologie cellulaire est un environnement de simulation pour l'électrophysiologie.
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Environnement de simulation d'électrophysiologie cellulaire Classement & Résumé

Environnement de simulation d'électrophysiologie cellulaire Mots clés

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Environnement de simulation d'électrophysiologie cellulaire La description

L'environnement de simulation d'électrophysiologie cellulaire est un environnement de simulation pour l'électrophysiologie. L'environnement de simulation d'électrophysiologie cellulaire (CESE) est un cadre complet spécialement conçu pour effectuer des simulations électrophysiologiques informatiques, par exemple des simulations d'activité électrique du myocyte cardiaque. L'environnement de simulation d'électrophysiologie du myocyte cardiaque est utile pour les simulations de potentiels d'action, des courants ioniques individuels et des changements de concentrations ioniques .Cese est un programme multiplate-forme, il s'exécute sur n'importe quel système contenant Java Runtime Environment (JRE) version 1.4 ou supérieure. Il a été testé sur Windows, Linux, Solaris, MacOS X et Aix.Cese utilisateurs sont un environnement intégré pour effectuer des simulations de calcul à l'aide d'une variété de modèles électrophysiologiques. Cette étape CESE permet de créer et d'exécuter des modèles à cellules (contenant les deux Hodgkin-Huxley (HH) et formulations de courant markovien). Les modèles d'activité électrique des myocytes cardiaques avec code source sont inclus dans la distribution CESE. Nous espérons étendre le nombre de modèles disponibles et ajouter certains modèles neuronaux à l'avenir. La force principale de la CESE est dans son uniformité une interface de programme reste la même pour différents types de modèles. Vous pouvez facilement basculer entre les modèles et comparer les sorties de simulation. Les paramètres de modèle peuvent être modifiés, sélectionnés pour la sortie et / ou serrés de la même manière, de manière standard.Cese étend la signification électrophysiologique conventionnelle de la "pince de tension". Vous pouvez serrer pratiquement n'importe quelle variable de modèle, y compris la tension (potentiel de la membrane), les courants ioniques totaux ou individuels, les concentrations ioniques, la température, les variables de gatinage, etc. Les commandes de serrage peuvent être des fonctions de la pièce complexes, définie individuellement pour la variable de modèle d'intérêt . Cela ouvre des possibilités infinies pour l'exploration du comportement de modèle complexe.Cese fournit des visualisations de données simples mais efficaces. Les résultats de la simulation peuvent être présentés sur les formulaires graphiques et tabulés. Les parcelles peuvent être personnalisées et les régions d'intérêt zoomed.even bien que cales n'a pas été conçue pour être un outil d'analyse de données, vous pouvez générer des relations de tension en cours (I-VS) et calculer les paramètres statistiques pour un signal donné dans le programme. Vous pouvez exporter vos données sur ASCII, fichier texte AXON (ATF) et les formats NETCDF pour continuer l'analyse dans votre paquet préféré.Cese DevelopersCese a été créée à partir de la base pour intégrer les meilleures pratiques de programmation disponibles pour les développeurs Java, à la fois en termes d'utilisateurs Cohérence d'interface et clarté et réutilisation du code. Dans la mesure du possible, CESE s'appuie sur les API de Java disponibles (par exemple Java2D, JavaBeans, JAXP) pour simplifier le code.Model Création nécessite un certain nombre de fonctions de maintien de la maison. Celles-ci incluent les intégrateurs ODE, les routines de gestion des paramètres de modèle, d'économie / Restauration de l'état du modèle, visualisant les résultats de la simulation, etc. CESE vous fournit une implémentation de ces routines, vous pouvez donc vous concentrer sur l'écriture du code de courant ionique en béton et que cese gérera le repos.Cese n'essaye pas de créer compliqué compliqué. Les cadres de programmation sur soi-même plutôt, il utilise des API de base Java. Par exemple, les modèles sont des composants Java conformes à la spécification JavaBeans. Nous utilisons XML pour spécifier des commandes de serrage et la sérialisation de l'objet Java pour enregistrer / restaurer les paramètres du modèle. Ce qui est nouveau dans cette version: · Cette version ajoute une interface graphique pour changer de tracé, améliore les performances et contient plusieurs bugs importants.

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