Bio :: Outils :: Codontable BIO :: Outils :: CODONTABLE est un objet de table de codon BIOPERL.
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tableau Objet perl Module BIOPERL Table de codon bioperl codon

Bio :: Outils :: Codontable La description

Bio :: Outils :: Codontable est un objet de table de codon Bioperl. Bio :: Outils :: Codontable est un objet de table de codon Bioperl.Synopsis # Ceci est une classe en lecture seule pour toutes les tables de codon connues. Les identifiants sont # ceux utilisés par les bases de données de séquence de nucléotides. Tous les codes d'ambiguïté de l'IUPAC communs communs pour l'ADN, l'ARN et les acides animés sont reconnus. # utiliser utiliser bio :: Outils :: codontables; # par défaut sur ID 1 "Standard" $ myCodontable = Bio :: Outils :: CODONTABLE-> Nouveau (); $ myCodontable2 = bio :: Outils :: CODONTABLE -> Nouveau (-Id => 3); # Changer la table de codon $ myCodontable-> ID (5); # Examiner la table d'impression de la table de codon ('', "Le nom de la table de codon no.", $ mycodontable-> id (4), "est:", $ myCodontable-> nom (), "n"); # Traduire un codon $ AA = $ mycodontable-> Traduire ('ACU'); $ aa = $ mycodontable-> traduire ('act'); $ aa = $ myCodontable-> Traduire ('YTR'); # inverse traduire un acide aminé @codons = $ myCodontable-> Revtranslate ('A'); @Codons = $ myCodontable-> Revtranslate ('Ser'); @Codons = $ mycodontable-> Revtranslate ('GLX'); @Codons = $ myCodontable-> Revtranslate ('Cys', 'ARN'); #booler tests imprimer "est un startn" si $ myCodontable-> is_start_codon ("ATG"); Imprimer "est une ternianatorn" si $ myCodontable-> is_ter_codon ("tar"); Imprimer "est un inconnu" si $ myCodontable-> is_unknown_codon ("JTG"); Les tables de codon sont également appelées tables de traduction ou codes de génétique car c'est ce qu'ils essaient de représenter. Une image plus complète de la complexité complète de l'utilisation du codon dans divers groupes taxonomiques présentées à la page de codes génétiques NCBI est une classe BIOPERL qui connaît toutes les tables de traduction actuelles utilisées par les bases de données de séquence de nucléotides primaires (Genbank, EMBL et DDBJ ). Il fournit des méthodes permettant de générer des informations sur les tableaux et les relations entre les codons et les acides aminés.Cette classe et ses méthodes reconnaissaient tous les codes d'ambiguïté d'Iupac communs pour l'ADN, l'ARN et les acides animés. La méthode de traduction suit les conventions des bases de données EMBL et TREMBLL.Il est une nuisance pour séparer les représentations d'ARN et d'ADNc de transcriptions d'acide nucléique. L'objet codontable accepte les codons de type comme entrée et permet à l'utilisateur de définir le mode pour la sortie lors de la traduction inverse. Sa valeur par défaut pour la sortie est l'ADN.NOTE: Cette classe traite principalement de codons individuels et d'acides aminés. Cependant, dans l'intérêt de la vitesse, vous pouvez également traduire une séquence plus longue. La complexité complète de la traduction des protéines est abordée par BIO :: PrimaireSeqi :: Traduire. Exigences: · Perl

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