 | Babel ouvertUn programme de chimie et une bibliothèque de la chimie croisée conçus pour convertir les formats de fichier |
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Babel ouvert Mots clés
Babel ouvert La description
Un programme de chimie et une bibliothèque de la plate-forme croisée conçus pour convertir les formats de fichier Le projet Open Babel est conçu pour ramasser où Babel a laissé un programme et une bibliothèque multiplate-forme conçue pour interconverties entre de nombreux formats de fichiers utilisés dans la modélisation moléculaire et la chimie informatique. Voici quelques caractéristiques essentielles de "Open Babel": · Une grande variété de formats de fichiers chimiques courants, y compris le SDF / MOL, MOL2, PDB, SMILES, XYZ, CML ... (détails) · Reconnaissance du type de fichier basé sur l'extension du nom de fichier · Support chimique MIME · Correspondant SMARTS · Typer atome flexible · Typer de liaison flexible pour la perception de plusieurs liaisons des coordonnées atomiques · Calcul de la charge partielle de Gasteiger · Ajout et suppression d'hydrogène · Support isotopique, calcul de la moyenne et des masses exactes · Perception automatique des caractéristiques (bagues, obligations, hybridation, aromaticité) · Stockage de conformité multiple dans les molécules · Conversion de ligne de commande pour plusieurs molécules dans un seul fichier · Interface de ligne de commande · Classe Bitvector · Transformations de vecteur et de matrice · Suite de tests moléculaires · Logiciel open-source / libre sous la licence publique générale GNU · Plate-forme transversale (Windows, Linux, Mac OS X, SGI, Solaris, Dreamcast ...) Quoi de neuf dans cette version: · Cette version représente une version de correction de bugs majeure et est une mise à niveau stable, fortement recommandée pour tous les utilisateurs d'Open Babel. Bien qu'il n'y a peut-être pas de nouvelles fonctionnalités, de nombreux accidents et autres bugs ont été fixés depuis 2.2.1. · Mise à niveau de la nouvelle version inchi 1.02 pour produire une sortie standardisée inchi et Inchikey. · Correction de nombreuses erreurs stéréochimiques lors de la lecture / de l'écriture de sourires. Cela fait partie d'un projet plus important qui sera terminé dans la version 2.3. · Compilation et installation fixes sur les plates-formes Cygwin et Mingw. · Affectation d'aromaticité et de liaison de Kekule considérablement améliorée. · Amélioration de la génération de coordonnées 2D -> 3D · Amélioration de la génération de coordonnées à l'aide de l'opération de ligne de commande --gen3D · Amélioration des performances pour la génération de coordonnées. · Opération de ligne de commande Nouvelle -filluc pour Babel. · Corrige à l'addition d'hydrogène dépendant du pH. · Ajout de la prise en charge de la lecture des données vibratoires des fichiers de sortie MDYEN, MOLPRO et NWCHEM. · Les rayons atomiques mis à jour des calculs théoriques récents. · Correction du bug lors de la lecture de fichiers Mol2 ou XML GZIP-compressé. · Fermer les fichiers après une erreur. Corrige un bug avec Pybel où les fichiers resteraient ouverts. Beaucoup plus de corrections de bugs et d'améliorations de petites fonctionnalités. == Nouveau formats de fichier == Importation et exportation: · Entrée et sortie MOLPRO. · Vasp coordonnées (ContCar et Poscar).
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