BIO :: PULLPARSERI BIO :: PULLPARSERI est un module de base pour une analyse rapide de 'Tirez'.
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BIO :: PULLPARSERI est un module de base pour une analyse rapide 'Tirez'. BIO :: PULLPARSERI est un module de base pour «Pull '» Fast'Synopsis # Numéro NE PAS UTILISER CETTE CLASSE, il est destiné au module d'analyseur # Les écrivains que vous écrivez un module pour analyser un nouveau format, vous souhaiterez peut-être utiliser un' APPROCHE POULURE QUELQUE VOUS NEUVEZ TRAVAILLER (DONNEES DE FICHIER DE RELAISIR, PASSAGE, tournez les données analysées dans un objet) lorsque cela est absolument nécessaire.Pullparseri fournit un système pour faire exactement cela. En tant que pullparser, vous avez besoin d'un morceau. Un morceau est juste une bio :: root :: io qui contient toutes les données brutes que vous voudriez analyser. Vous pouvez utiliser la méthode chunk () pour créer un morceau à partir d'un nom de fichier, de fichier de fichiers existant ou même d'une chaîne. Si vous faites un morceau d'un gros fichier, mais seulement que vous voulez seulement que votre morceau soit une partie de l'ensemble du fichier, des montants de départ et d'extrémité en octets au morceau () en même temps. Les méthodes _chunk_seek () et _chunk_tell () fournissent des recherches et indiquent que cela sont relatifs au début et à la fin de votre morceau, pas l'ensemble du fichier.L'autre que vous devrez décider lors de la fabrication d'une pièce à pipi. Un pullparser a généralement besoin de données déséquilibrées pour analyser, de sorte que si vos données sont pénétrées dans et désignées, vous devez choisir entre la création d'un fichier temporaire ou lire l'entrée dans la mémoire, qui sera effectuée avant que le morceau ne devienne utilisable et que vous puissiez commencer toute analyse. Sinon, vous pouvez choisir de forcer une lecture séquentielle, auquel cas vous pouvez utiliser _DePendances () pour définir l'ordre linéaire des méthodes qui aboutiraient au fichier en cours de lecture séquentielle. La valeur de retour de _Suite () est également utile ici, si vous devez mettre en cache certaines données ou vous vous comportez différemment lors d'une lecture séquentielle. La méthode principale du système est GET_FIELD (). Cette méthode s'appuie sur l'existence d'une référence de hash privée accessible avec la méthode _fields (). Cette réponse de hachage doit avoir comme touche toutes les sortes de données que vous voudrez analyser (par exemple, «score») et avant d'analyser les valeurs ne serait pas définie. Un utilisateur de votre module peut alors appeler soit $ Module-> get_field ('Score'), soit $ Module-> Score and Get_field renvoyera la réponse à partir de $ auto-> champs -> {score} s'il est défini ou appelez Une méthode _Discover_score () d'abord sinon. Donc, pour que le système fonctionne, vous devez définir une méthode _discover _ * () pour chaque domaine du hachage de champs, et assurez-vous que la méthode stocke une réponse dans les champs Hash.Comment que vous impliez vos méthodes _Discover_ * est à vous, bien que Vous ne devriez jamais appeler une méthode _discover_ * directement vous-même; Toujours utiliser get_field (), puisque get_field () traitera des méthodes dépendantes appelant pour vous si une lecture séquenciale forcée est en cours due à une entrée de canalisation. Vous voudrez presque certainement utiliser les différentes méthodes liées au bloc de cette classe (qui sont désignées privées par le premier "_"; cela signifie que vous pouvez les utiliser comme auteur d'une classe d'analyseurs, mais les utilisateurs de votre analyseur devraient Non) .Primira parmi eux est _ * _ chunk_by_end () auquel vous fournissez un texte qui représente la fin de votre morceau souhaité et il fait une lecture avec votre argument en tant que $ /. Le morceau connaît ses fins de lignes. Si vous souhaitez que votre définition de fin inclure une nouvelle ligne, utilisez toujours «N» et Pullparseri effectuera une conversion nécessaire pour vous.Si vos données d'entrée sont hiérarchiques (p. Ex. Rapport-> De nombreux résultats-> Beaucoup de hits-> De nombreux PMS), et vous souhaitez qu'un objet à la feuille de la hiérarchie ait accès à des informations partagées parmi tous (est analysée dans la racine), vous n'avez pas à copier les données à chaque objet feuille; Simplement en définissant le parent (), lorsque vous appelez get_field () et que le champ demandé n'est pas dans les champs de votre feuille, le parent de la feuille sera demandé au champ, et ainsi de suite jusqu'à la root.see bio :: Recherche --: hmmer_pull Pour un exemple de mise en uvre d'un analyseur à l'aide de Pullparseri. Exigences: · Perl

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